Обязательно ли каждый раз при обновлении заливать дистрибутив целиком?

На этапе настройки билда (до перевода в Live) можно вручную менять файлы непосредственно в папке игры. Для этого требуется предварительно в настройках Игрового центра выключить проверку целостности файлов:

В верхнем меню «Помощь» ИЦ включить «Developer Mode». В верхнем меню появится одноименный раздел.
В «Developer Mode» найти подраздел «Game RunCheck» и снять флаг «On».

После отладки следует залить финальную версию в Кабинет Разработчика и перевести её в Live перед отправкой в модерацию.

Далее для заливки только измененных файлов можно использовать следующую команду в туле загрузки:

bstool.exe -src= -token= \["-versioninfo=

Команда применима к незашифрованному билду в Live.
Старайтесь заливать обновления с одной и той же машины; не удаляйте и не очищайте папку Assembly Folder. Тула загрузки сформирует дистрибутив для новых игроков и патч — для уже установивших игру.